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在跑林看来，更欠公正的当推夏威夷大学校务委员会委员们的行为了。他曾被安排为该校一幢新的化学大楼落成典礼剪彩，但是校务委员会受到该州反颠覆官员的警告。这些官员声称，他们从加利福尼亚的同行那里收到了特尼委员会关于鲍林的一份档案材料。于是，校务委员会迫使化学系撤回了对鲍林的邀请。鲍林是从一位记者那里得知这一消息的，他同样直言不讳地提出了自己的批评意见：“我非常吃惊，堂堂一所大学的校务委员会，本来应当是由一些志士仁人组成的，然而这个机构竟然可以不向对方指控就审判一个人，并公开宣布这个人有罪，而且根本就不给人家申诉的机会。”当这一争议公之于报端时，媒体派人找到杜布里奇了解他的意见，这位校长守口如瓶，只说他看不出这一问题与加州理工学院有什么相干。
静下心来以后，鲍林给夏威夷大学校务委员会去了一信，对他们的行为表示“强烈的愤慨”。“你们认为，一个美国人，坚持自己的独立主张，不愿受人支配，反对颐指气使的官员指手画脚。就成了非美国人了吗？”他这样写道。“我不这样看。我想，这种人与那些不表示反对态度的人相比，更加具有美国人的气质。”他随信还附上了一份有关自己政治信仰的声明——其中也提到他拒绝参加共产党一事——他要求对方重新发出邀请，并且暗示，要是对方不这样做，他将诉诸法律。但是，该校校务委员会仍然坚持自己的立场。
不管怎样，鲍林还是决定到这个群岛去走一趟。此时正值度假的美好时光。他的几篇关于蛋白质的论文刚刚刊出，政治气候也在升温，他需要休息一下了。况且，到夏威夷去也是表明自己鄙夷和不满的一种方式。“我想，到檀香山去还是值得的。到那里可作几次科学讲座，同时也可向这个群岛的居民表明，夏威夷大学校务委员会撤回对我的邀请是犯了多大的错误，”他在给朋友的一封信中这样写道。他说服了美国化学学会夏威夷分会邀请他作一系列讲演，于5月底带着爱娃·海伦一道飞到了檀香山。这次旅行终于成了一个非常令人高兴的转折点。每次讲演都受到一批批热情洋溢的科学家的热烈欢迎。大家都急切希望了解他的最新发现。讲演完毕后，许多人上前与鲍林握手，感谢他蔑视有关方面的狭隘偏见所显示出来的勇气。檀香山报界也站在鲍林一边，开始质问夏威夷大学校务委员会为什么采取那样的行径。
这对鲍林是一个很大的鼓舞。看来，在一段较短的时间里，由丁奋起坚持自己的信念，他不但维护了自己的声誉，而且给别人也带来了希望。
然而，从夏威夷归来后几个星期，气氛又变得沉闷起来。从1948年开始，鲍林曾多次成功地摆脱有关方面要他接受忠诚计划的审查，但是，要避开这种纠缠将会愈来愈困难。1951年，朝鲜战争烟火弥漫，罗森伯格审判案又再次将原子弹间谍问题变成了人们议论的中心。杜鲁门签署了另一项行政命令，进一步提高了忠诚的标准。只要对一个人的忠诚有疑问，那怕缺乏任何切实的证据，就可以成为免去这个人公务员职位的理由。成百上千个案例又重新开庭审理，爱德华德·康顿的案子就是其中之一。这一次，这位长期受难的物理学家吃足了苦头，最后被迫辞去了国家标准局局长的职务。
政府用于科学的经费，特别是用于属于保密防务研究的经费大大增加了。许多科学家、技术人员和工程师为了要找到工作，不得不接受有关方面对自己进行忠诚的鉴定。本来，只是军方对下属有关人员进行忠诚的鉴定和听证，但在此时，面对新近大量涌现出来的有关平民的案件，有关方面对审查制度作了相应的调整，许多非军方人员也要接受忠诚的鉴定。不过，在其冠冕堂皇言论的背后，忠诚鉴定实际上成了一项影子式的法律制度。非军方科学家如要得到一项属于某一密级的政府合同，那就必须将自己的档案资料送交地区司令官审阅。如果发现可疑的活动和联系，那么这个人的档案就要送到一个地区性人事安全部门作进一步的审查。那个安全部门有权撤销此人参与机密工作的许可——此人将不得参与任何保密项目的研究——而且还用不到召见当事人或者提供任何证据。科学家一旦被列入黑名单，唯一的求助手段是向就业资格审查委员会申诉。如果是第一次，当事人可以在律师的陪同下亲自陈述自己的情况。就业资格审查委员会举行的听证会，并非精确意义上的审理——而是在判决已经作出，并且由军方对平民的政治活动作出判断之后，在法律制度之外进行的一种活动——当然，听证会在形式上很像法庭审理，有审问、抗辩、律师等等。这是一种《阿丽丝漫游记》式的制度。就业资格审查委员会作出判决以后，当事人就再也无处可以申诉了，陪审团作出的是最终判决。
成千上万名学者受到这一荒唐制度的摆布。一个人一旦因故被排除在某一密级之外——其理由可以仅仅是参加过某一可疑的团体——那么，在别的地方，不管是不是政府项目，此人要找到饭碗将都是非常困难的。忠诚鉴定并没有查出任何原子弹间谍，但在实际上起到了堵住不同政见者之口的作用。五年以前，这种开列黑名单的基本做法，曾经有效地迫使电影界纳入安分守己的轨道，现在则被用来防止学者在政治上说三道四了。
此时，鲍林本人也被卷入了忠诚鉴定的浪潮。
鲍林曾避免涉足国防保密项目的研究。但是，根据合同规定，他是加州理工学院教职工委员会的成员之一，这一职位要求他审查其他人提交的从事保密项目要求资助的申请。空军要求，任何人阅读他们的有关合同，那怕此人具有审查人的身份，也都应当接受较低密级的资格审查。这种人只能接触属于“机要”级或“内部”级的材料，不能参阅“机密”级或“绝密”级的文件。对有关人作这种较低密级的鉴定，原本只是加盖橡皮图章的例行公事，很少要求本人到场接受就业资格审查委员会的全面审查。1951年初，加州理工学院将鲍林和另外一些校务委员和员工的名单上报，让有关方面作这种较低密级的资格鉴定。所有人都顺利过关——但鲍林除外。
7月下旬，鲍林收到了当地军事安全委员会的一封公函，正式通知他要求接触加州理工学院保密材料的申请不予批准。根据该委员会掌握的“情报”，“你曾是一名共产党员，一名与共产党员有密切联系的外围人员，……你还与信仰共产党意识形态的众多团体发生过密切的联系，或者就是其中一员，在许多场合，你曾公开为知名的共产党人和共产主义意识形态进行辩护。”
一切全是不实之辞。鲍林立即就上述指控向就业资格审查委员会提出申诉。听证会定于11月份举行。
颇具讽刺意味的是，就在鲍林在美国被指控为共产党人的同一时间里，有消息传到加州理工学院，称他受到了苏联化学家的严厉谴责，说他基于共振的化学结构理论“错误百出，用心险恶”。李森科时代的俄国学者为了吹嘘俄罗斯在结构化学方面取得的成就，用了两年的时间在与鲍林的“资产阶级反动”化学思想决裂，特别是要与他的并不真正独立存在的唯心主义共振结构的用法决裂。他们认为，共振理论与唯物主义唱反调，因而也是反苏的。1951年夏，苏联科学院化学部通过正式决议，认为鲍林的做法是“伪科学”，是“唯心主义”，因此必须摒弃。《真理报》大力鼓吹这一决议，并且在苏联的科学出版物上激起了一阵阵声讨的浪潮，称鲍林研究化学的方法是“臆想捏造出来的玩意，是与现实毫不相干的偷懒想法”。一位当代观察家在《美国化学教育期刊》上发表文章写道：“攻击辱骂之猛裂和粗暴，这在化学界是史无前例的。”自此开始，苏联化学走上了反鲍林的轨道。
鲍林现在处在这样一种奇特的地位：一方面，美国人辱骂他是共产党人；另一方面，苏联人又把他称为反动分子。在私下里，鲍林对俄国人的谩骂还是“颇为关注”的。他在给一位朋友的信中写道：“我真不明白这样一种攻击到底有多大意义，他们到底想干什么。”在公开场合，这倒提供了一个可以减轻破坏性后果的可能，杜布里奇就迫不及待地抓住了这一机会。当《纽约时报》的一位记者将俄国科学家通过的反鲍林决议电传到加州理工学院征求看法时，该院用了整整三页的新闻通讯作回答，强烈谴责李森科主义，并且强调了鲍林对共产主义科学的批评意见。“如果不容许俄国科学家应用共振理论，或者剥夺他们在其他方向上进行科学研究的自由，那么俄罗斯科学必将落在西方科学的后面，俄国的技术也会因此而受到损害，”该文引用鲍林的话这样说道。后来，《纽约时报》和《时代》杂志在报道中将鲍林描绘成了西方科学反对俄国人扼杀真理的一名卫士。
游戏规则
正当俄国人和美国人都在忙忙碌碌地清算鲍林的活动，试图找到他在政治上图谋不轨的行为时，布拉格、阿斯特贝里和其他英国学者却在细心地审阅他关于蛋白质研究的论文，以便发现其中的破绽。到了1951年秋天，他们自认为已经找到了大量错误。一方面，佩鲁茨证实了阿尔法螺旋的存在性，发现这种结构存在于许多种蛋白质中，具有1。5埃的阿尔法螺旋指纹；另一方面，他在羽轴蛋白质中却没有找到这一种结构，然而根据鲍林的预计应当是能够找到的。佩鲁茨得出结论说，鲍林和科里提议的羽毛结构是错误的。佩鲁茨还认为，鲍林曾设想，肌肉收缩模型可使片层结构收缩为阿尔法螺旋，这是不对的，因为无论在扩张形式还是在收缩形式中都找到了阿尔法类型存在的证据。伯纳尔曾打算接受纤维蛋白中存在阿尔法螺旋的理论，但他心里很清楚，这对他正在研究的核糖核酸酶和胰凝聚蛋白酶这两种球状蛋白质的结构并没有帮助。科托尔兹公司的研究组不同意鲍林关于人造多肽的尺寸所说的话。鲍林关于松散的枷玛螺旋的意见也受到了批评，因为在其中心存在着一个大洞，完全装得下一些细小的分子，因而会使其不稳定。最令鲍林失望的是，他为胶原蛋白设想的结构——三螺旋索结构，并没有得到英国X射线研究结果的证实，而他认为这种结构的发现为解释物质的抗拉伸特性做了一件好事。
1951年下半年，鲍林花了大量的时间考虑怎样回答这些批评，并且继续修正自己关于蛋白质结构的理论。他感到这一工作极重要，以至他谢绝了哈佛大学要他担任客座教授的邀请，目的是要集中精力攻克这一个堡垒。他还推迟了预先计划好去欧洲的一次旅行，同样是为了把自己的思路理得更加清楚些。羽毛中阿尔法螺旋的指纹可能是非常隐蔽的，因为他已注意到，各个螺旋�