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多年以来，诺伊斯为了使自己这位青年才子满意，为他讨来了新的场地，满足了他的加薪要求，并给他提升。当密立根对这位过于自负的青年教授日益不满的时候，他又从中斡旋。鲍林再三以离开学校的威胁来达到自己目的的做法，让密立根觉得这家伙也过于狂妄，过于自私了。也许他真有诺伊斯说的那么好。但是，要是在物理系的话，他是决不会这样受到娇惯的。
然而，为了留住鲍林，诺伊斯可以不惜一切代价。他熟知化学，理解鲍林在这一领域中日益增加的重要性，这是密立根所理解不了的。鲍林基于量子物理的化学键研究，得到了他X射线和电子衍射研究的补充和拓展。他具有将结构和理论联系起来的独特的本领。他能够将解释冰的结构的思想运用到对蛋白质结构的研究中，代表了迈向涵盖一切的物理化学的重大飞跃，而奥斯特瓦尔德早在四十年前就向诺伊斯鼓吹过这一可能性。而且，这个年轻人精力过人！他埋头工作，以化学为生命，在路易斯之后，诺伊斯就没有见过像鲍林这样的第二个人。鲍林的创造力似乎永远是无穷无尽的。
更为重要的是，鲍林是诺伊斯创造的。诺伊斯发现了他，引导了他，将他从一个俄勒冈少年变成了一个国际知名人士。鲍林是他这位导师慧眼识真珠的活的见证，也是诺伊斯在加州理工学院实践教育理论成功的活典型。
于是，诺伊斯决定，无论如何要留住鲍林。z
为了让鲍林不变心，诺伊斯懂得仅仅靠好话和金钱是远远不够的。他需要有权。所以，当鲍林在30年代中期升为正教授之后，诺伊斯向他和韦弗之类的重要人物表明，他将成为加州理工学院化学和化学工程系的下一任系主任。
乍一看来，这一决定惊世骇俗。因为化学系里不乏比鲍林年长和更富有学术经验的科学家——包括全国闻名的理查德·托尔曼——但是诺伊斯认为前途比经验更重要。他写道，“年龄的大小肯定不是主要的考虑因素。”化学系主任超越一切的品质应该是“全身心地投入于研究工作……善于接受并发现新的思想。”同“制定未来科学研究新计划的能力相比”，行政能力是第二位的。
在这一点上，鲍林没有竞争对手。托尔曼的研究越来越孤僻——对宇宙哲学的思考取代了与化学相关的重要工作——而且不管怎么说，他从一开始任教的时候，就反复声称自己对行政工作没有丝毫的兴趣。威廉·雷西、斯图尔特·贝茨和迪金森，这些比鲍林的资格都要老的教授们则都满足于教学，满足于从小实验室里机械地制造出一些研究成果来。诺伊斯认为只有鲍林具备领导的才能。他充满新思想，掌握新技术，能够吸引最优秀的学生，能够掌管一个大型的、多产的实验室，而且与洛克菲勒基金会关系很密切。尽管任何一个老资格的学者都有能力领导化学系，只有鲍林能够壮大它。早在1932年，诺伊斯就告诉韦弗说，鲍林可能是他的继任者。
后来他动摇了。随着时间的推移，他在鲍林身上发现了一些令他不快的东西，一些与自己的价值观大相径庭的品质，这不得不令他对自己交班的计划再斟酌一番。尽管他的绰号叫亚瑟王，他实际上只是一个贵族。他信仰合作的、公司式管理模式，首席执行官在采取行动前需要听取拥有相当实权的教师委员会的建议；教师们通过自己的委员会，实际上左右了系里的多数决策。诺伊斯不喜欢德国化学研究所中的管理模式——大师的研究工作处于中心地位，其决策权威不容质疑。诺伊斯的管理形式正是在考察了德国模式之后的个人创造；他认为，德国模式造就的是追随者，而不是具有独立思维能力的学者，“这一体系的结果常常是，领头的一位杰出人物不堪烦琐的行政事物的重压，而手下是一群差强人意的学者。”
随着鲍林研究工作的扩展，他在许多方面采取了诺伊斯所不愿意看到的态度。在鲍林的实验室里，鲍林决定应该问什么问题，并用什么手段来回答这些问题；他指派别人来为他解决问题，而不向他们传授独立思考的技巧。在这令人激动的学术环境中，卓有成效的研究工作有条不紊地开展着，鲍林的学生和博士后从来不抱怨；他们正在学习一种化学新思维，日后将帮助他们叩开各地最好的研究中心的大门。
抱怨来自其他的教授。鲍林不仅以德国模式来经营自己的实验室；他还捍卫自己的利益和自己的研究，而把整个系的需要放在第二位。一位教授将这种风格称为“富有侵略性的管理风格”，那些现在和鲍林平起平坐，很快将在他领导之下工作的教授们并不欣赏这一种风格。在30年代中，系里出现了一股反对鲍林的思潮。年长的同事视他为一个妄自尊大的人；年龄相当的同事则嫉妒他的一举成名。这是一种长兄式的嫉妒：每个人都知道鲍林深受国王宠爱，是“诺伊斯的心腹”。鲍林正致力于自己的研究工作，既没有时间，也没有兴趣来平息同事们的怨气。
诺伊斯对此非常担心，同时对鲍林不问学院大事的态度也深表忧虑。这位年轻人对自己事业的奉献精神是毋庸置疑的。他不合群，首先是为自己，其次是为化学系，最后才是加州理工学院。他对于学术政治一窍不通，也毫无兴趣；他对学校当局下达命令，而不是提出请求。密立根不喜欢他。诺伊斯在自己的门徒身上发现了令他困惑的急躁和不讲情理。随着鲍林越来越成功，这种倾向愈来愈明显了。
另一方面，鲍林出色地履行了自己在系务委员会里的职责，而且是一位极其出色的教师。他对于系里的课程安排，特别是本科生学习化学的方式还有那么点兴趣。也许可以指导他更关心一些学院方面的事务。在30年代早期，诺伊斯草拟了一份计划，让青年教师参加一个政策委员会，通过与加州理工学院行政管理人员的协商来“了解学院的问题和想法”；在化学系中，他提名鲍林和托尔曼参加。还有一次，鲍林记得，诺伊斯指定他为化学系的“执行官”。诺伊斯设立这一职位也许是为了给鲍林创造一块最终登上系主任宝座的垫脚石。“但是作为执行官我没有做任何事情，”鲍林说。“他没有让我承担任何职责。”
正当诺伊斯迟疑不决的时候，在1935年初他受到了致命的打击：他被确诊患有结肠癌。医生告诉他，他唯一的机会是立即动手术。诺伊斯被手术吓坏了，坚决反对这样做。除了海耳、密立根和几个最亲近的朋友，他没有把病情告诉任何人。他开始离开学校，一个人独处。有时在学校附近圣帕斯科的小屋，有时在科罗那得马的海边别墅里。在那里，他可以静静地欣赏海鸥翱翔，海浪翻滚，耳边是海风带来的海滩上人们的欢声笑语，脑海中浮现出科德角的浪花和自己在意大利阳光灿烂的日子。在那里他可以暂时忘却学校的烦心事。
尽管诺伊斯竭力隐瞒自己的病情，学校里不久就已传得沸沸扬扬了。
鲍林的反应正是大家最害怕看见的。多年以来他就期待着能够取代诺伊斯，现在看来时机到了。需要立即作出一系列的决策，包括有机化学的发展计划，与洛克菲勒基金的长期关系，以及由于大萧条造成的新的化学楼的延期。诺伊斯似乎放弃了任何决策，而鲍林需要知道下一步将会发生什么，特别是他继任系主任的时间表。但是没有一个人跟他提过这件事。诺伊斯处于半隐居状态，而密立根则对他敬而远之。最后，鲍林决定自己采取行动。1935年7月，他借俄亥俄州立大学给他的一份邀请，要求和密立根讨论一下自己的处境。
这次会面是一场灾难。密立根是诺伊斯的亲密战友，对于朋友的疾病感到很忧虑；他目前最不愿意处理的就是鲍林显而易见的又一次加薪的要求。鲍林抱怨经费紧缺，告诉密立根应该拨给化学系更多的资金，还提醒他在别的大学中化学相对于物理的优越地位，由此会谈的气氛急转直下。密立根根本就不屑于回答鲍林的这些问题；在他看来，只要诺伊斯一息尚存，还是化学系主任，经费的问题完全不用鲍林来操心。接着他意识到了鲍林此行的真正动机：他需要保证自己在诺伊斯死后获得系主任一职。密立根勃然大怒。他强压怒火，对鲍林说，学校没有打算增加化学系在学院经费中的份额。然而当鲍林一再回到系主任任命这一话题上的时候，他再也按捺不住了。密立根告诉这位自负的年轻人说，他太年轻，甚至连系主任一职也休想考虑。就他个人而言，鲍林在以后的十到十五年中也不用费神去考虑担任那一类行政职务。接着他把鲍林轰了出去。
鲍林一下子懵住了。密立根的话彻底推翻了他原以为板上钉钉的自己前程的安排。而且密立根说他年轻，不足以担此重任的话也毫无道理。鲍林已经34岁了，比斯雷特负责麻省理工学院物理系时还年长3岁，比科南特被提名为哈佛大学校长时也小不了几岁。一定是别的什么出了岔子。
鲍林整整用了两个星期的时间才重新认识了自己的位置，他决定非要弄个明白不可。他老调重弹地给诺伊斯送去一封措辞谨慎的信：“我觉得我不得不离开学院。……唯一令我感到迟疑的是，我可能误解了您曾经嘱咐我的，要我制定发展化学系的规划，并为我安排相应角色的话。”
诺伊斯在科罗那得马收到了这封信。几个月来，他一直避免作任何决定，但是现在看来他必须正面解决鲍林的前途问题了。他一直担心这会使他在生命最后几年中苦心经营的化学系分崩离析。他叫秘书把鲍林的信复写了一份亲手交给海耳，还亲自写了一段话。“鲍林好大喜功，野心勃勃，惟我独尊，但是我确实相信，他主要的思路是在其研究领域之外建立一个更大的研究中心。”然后他要求紧急约见托尔曼、海耳和密立根。
在会议上，大家很快意识到问题没那么简单。密立根希望托尔曼能够继任；他不仅资格老，而且是合适的人选；他和密立根以及加州理工学院最大的那些施主参加同样的私人俱乐部，属于同一个社交圈。在另一方面，每一个人都还记得鲍林刚读研究生时的模样。他来自穷乡僻壤，一贫如洗，和年轻的太太和孩子住在一间租来的破旧屋子里。他怎么能够应付那些学院需要交好的百万富翁呢？密立根特别担心鲁莽的鲍林在自己理事会前的表现。然而诺伊斯仍然不相信托尔曼会全身心地投入到化学系或者管理工作中去，他争辩说，失去鲍林将是学院的一大损失。托尔曼本人对独自一人取代诺伊斯表示了保留的意见。
最后，大家达成了妥协：对化学系采取分治管理的模式。鲍林将称为名义上的系主任，但是他将和一个新的化学系委员会分享他的权力。这一委员会包括五名成员，将最终决定任命、提升、工资和预算等问题。托尔曼将作为化学系在加州理工学院执行委员会中的代表，负责与理事们打交道。
这一计划是在7月份制定的，但是在11月正式公