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这已经是够糟糕的了。但是，到了1966年，鲍林在维生素C问题上的执着达到了痴迷的程度。他和鲁滨逊对一些精神病患者进行维生素配方的试验，给他们服用大剂量维生素C，然后观察他们尿液中维生素C的含量（其用意是，体内缺乏抗坏血酸，将会导致摄入量增加，因而排泄物中的含量就降低）。在好几个月的时间里，鲍林不断要求医学院的人帮助他测试维生素C在病人身上产生的作用。医学界对鲍林进行了持续不断的抨击，使斯坦福大学的校方开始感到很尴尬。
鲍林要求将实验室搬到一个更大的场所，遭到了校方的拒绝。他又提议为他和鲁滨逊的研究工作新建一所中等规模的建筑，学校拨出一部分资金，他本人再筹集一部分钱款。此时，校方开始认真起来了，他们提醒鲍林说，他已过了斯坦福大学为教授规定的退休年龄。最后，1972年年底，他们正式通知，建造新大楼是不可能的。
鲁滨逊想出了一个解决的办法。他和鲍林已经筹集到一笔资金。出资人名叫基恩·迪米克是一家制造气体色谱分析仪的公司已经退休的老板，同时也是热心支持鲍林维生素思想的信徒。这笔资金一共是5万美元，原本可以充当在斯坦福大学拟议建造的大楼自筹资金的一部分。为什么不告诉斯坦福大学，事情到此为止了，迪米克的资金将在校外租一个地方用作实验室？鲁滨逊和鲍林认为，这是一个好机会，可以从根本上摆脱校方的干预，建立他们自己的研究所。
两个人和迪米克一起商谈这件事。1973年5月15日，他们正式宣布，从此以后，他们将在门罗公园的一个新的研究机构里进行他们的工作。这个地方离斯坦福大学有好几英里远，他们将其称为“分子矫正医学研究所”。
鲍林现在已经72岁了，但他还像年轻人一样精力充沛地用全部身心投入了新近开始的事业。过了几个月，他就辞去了斯坦福大学的职位。鲁滨逊也和加州大学圣地亚哥分校割断了最后的联系。两个人又开始向各方面寻求研究的资助。鲍林首先劝说他的朋友和同行参加研究所理事会——这是一种象征性职位，这些头面人物的名字将出现在信头上，有利于提高研究所的身价，更便于筹集资金的工作——一共有30个人接受了这一名誉，其中包括克里克、威尔金斯和另外一些诺贝尔奖获得者。
迪米克的捐款已足够支付研究所新大楼的租金，除此之外，鲍林和鲁滨逊只有原来那一笔国家医学研究所提供的用于尿样分析的资金，因此，两人不得不用自己的钱来支付工作人员的薪金和某些购买设备的费用。主要的研究领域是两个：一个是鲁滨逊的尿样分析的课题，另一个就是鲍林新近提议进行研究的维生素C。在鲁滨逊方面，取得更多资助并没有碰到多大的麻烦，但鲍林筹资的活动就不那么成功了。
1973年3月，鲍林拜访了国家癌症研究所，这是一个典型的例子。鲍林和爱娃带着卡梅隆在苏格兰最早给予治疗的40名癌症患者的病历，抵达贝塞斯达，并将其交给国家癌症研究所的十几名官员查看。鲍林提议说，也许现在美国就应当进行一些对照试验了。但是，这些官员在经过两个小时的讨论后，声称必须首先在动物身上作试验，如果表明这种治疗方法是安全有效的，然后才能采取下一步行动。鲍林心里想，这些医学专家同样是把维生素C当作一种药物而不是当作一种营养品来看待的，尽管是这样，他还是愿意照他们的要求作分阶段试验。他迅速提出了申请，要求资助10万美元在他新开的研究所里对动物作试验。但是，国家癌症研究所的评估人员对这一建议投了票，结果赞成票很少，资助一事未得到通过。鲍林后来根据评估人员指出的缺点进行了更改，并在1叨4年再次提出了申请，申请书照样被退回。1975年和1976年又两度申请，每一次都没有结果。
1973年稍后，卡梅隆本人到美国旅行，顺道和鲍林一起走访了国家癌症研究所。这也是两个人的第一次见面。然而，两个人在一起所作的努力，仍然是一无所获。国家癌症研究所学者们的态度与其他医生们的态度如出一辙：在一家苏格兰小医院里偶然出现的几个病例，还不足以证明可以得到大规模研究的资助。卡梅隆在给鲍林的信中读到了他从国家癌症研究所那里得到的印象。他写道，在贝塞斯达，医生们使用着化学治疗、放射治疗和外科手术等手段，他考察了这些“的确使人失望”的办法，“我真不清楚他们到底得到了怎样的结果，这些方法毫无疑问会造成许多细胞变异的现象，病人也随之承受了许多痛苦。”
1973年夏天，鲍林遭受到另一次挫折。美国精神病协会的课题攻关组发表了一份篇幅很长的报告，批驳了分子矫正精神病学的概念。文中还特别提到霍弗和奥斯蒙德提出的思想。说他们的理论基础“是很不牢靠的”，他们的实验结果缺乏普遍性，试验的时间也太短，因而无法提供充分的资料，他们公布结果的方式也是“可以探讨的”。鲍林给美国精神病协会的杂志写了一封信，激烈地反驳了这份报告所作的攻击，他谴责了攻关组成员有很深的偏见，他们的报告对一些重要的研究采取了视而不见的态度：“对于我在1968年论文中提出的矫正分子精神病学的一般理论，对于抗坏血酸价值所作的具体的论证，这份报告既不作介绍，也未作郑重其事的讨论，”他这样写道；因此，他接下去说道，这一报告的结论是“站不住脚的”。然而，等到他这篇文章在第二年见诸报刊时，攻关组报告已经造成了很坏的影响：一些医学界人士再次发表了看法；人们再次得到这样的印象，即跑林关于分子矫正的思想纯粹是胡说八道。
“我应当说，要理解医生实在太难了，”鲍林对一位记者说。“他们习惯于接受人家的说法……他们只相信权威。显然，他们难以理解世界在发生变化。”
1973年夏天，为了促使人们注意维生素C和癌症的关系，鲍林和卡梅隆又尝试了另一种做法。他们避开了卡梅隆难以证明的透明质酸酶理论，强调维生素C是一种免疫反应的增强剂，有助于缓解药物治疗和放射治疗带来的副作用——可以作为现行癌症治疗方法的辅助手段，而不是从根本上取代这些方法。这是非常高明的一步，对治疗和研究癌症的机构不那么具有威胁性，而且更加有实验事实作基础。事实上，人们已经观察到，维生素C有助于改进吞噬细胞的功能，也就是提高白血球在抵御癌症的过程中发挥的免疫力。
但是，这为时已晚。此时，鲍林几乎已经被医学界完全置于孤立无援的地位。虽然他继续在通俗刊物而不是在学术杂志上为自己辩护，甚至愿意在诸如《国民调查》和《午夜》那样的马路小报上，发表记者撰写的访谈录。现在他说的是，适当使用维生素的最佳剂量，并少吃食糖和禁烟，就可以延长美国人的平均寿命20年左右。他本人每天服用的维生素C剂量则已增至6克。在医生们的心目中，鲍林显得愈来愈尖刻，甚至到了可悲的地步。他们一致认为，这样一位伟人堕落为一个江湖骗子，实在太可惜了。
时间到了1974年年中，鲍林的声望和他开张不久的研究所的财务状况同时到达了最低点。也许是先前的麦卡锡时代在医学界留下了阴魂，原来安排鲍林对加州大学圣克鲁斯分校学生作一次关于维生素C的报告无端地被取消了。原因在于，作为报告会发起者的一个当地的癌症学会，对邀请鲍林作报告的学生们说，他们将不会支付有关的费用。分校校长认为，任何校外团体都无权决定本校学生听讲的内容，因此，他用学校的钱支付了鲍林这次访问的费用。1974年，似乎是对鲍林作出的一个回答，美国为维生素C推荐的日摄入量从60毫克降低到45毫克。
这年春天，卡梅隆又有两篇关于用维生素C治疗癌症患者的论文，被美国的重要癌症刊物作退稿处理。主要的批评意见是，他没有同时作一次双盲试验，而且在测定其疗效时，用于对照组的类似病例是从医院病史档案中选来的——用医学上的行话来说，这是“历史性对照组”。他得到的结果还有一些不确定因素，因为他的大剂量药方仅用在晚期病人的身上，而晚期病人有可能死于心力衰竭或肾功能障碍，这种情况也许与维生素C无关，然而会严重干扰统计的结果。鲍林和爱娃在6月份乘飞机抵达莱汶谷医院，亲自考察了卡梅隆是怎样工作的，并且还帮助他修改了论文的手稿。鲍林从理论的角度强化了有关的论点，并且在手稿上加上了自己的名字，这就保证卡梅隆的发现能通过有关人员的审查，最后发表在《化学与生物学的相互影响》杂志上。
这至少是一件好事，鲍林的研究所也有其需要。他和鲁滨逊在向科研机构筹集资金用于维生素C与癌症问题的研究方面，并没有取得多大的进展。由此带来的财政危机已十分严重，他们不得不自己掏腰包来维持有关的活动。显然，是应当采取一些具体行动的时候了。
1974年7月，研究所的小型理事会决定作一些重大的变革。医学科学机构也许不会资助他们的工作了，但是还有一个资金的来源：社会公众。与医生相比，公众对鲍林关于维生素C的思想一直是比较支持的，他们可以直接呼吁公众向研究所捐款。事实上，各种各样负责癌症捐款的慈善机构这样做已有几十年了。如果募捐顺利的话，那么不但不必让研究所关门，而且还可以进一步扩大，开设一所小型的诊所来进行直接的试验。为了充分利用研究所最重要的资产，他们将它改了名，从中删去了“分子矫正”这个词。一方面，因为美国精神病学协会的攻击而败坏了这个名称的声誉；另一方面，不管怎么说，使用这一个名称，对一些可能的捐款人毕竟需要作很多解释。从此以后，研究所的正式名称为：“莱纳斯·鲍林科学和医学研究所”——这一名称得到鲍林的认可，正如他所说的那样，“在筹措资金问题上，将我的名字与研究所联系在一起，看来还是有利的。”
鲍林对研究所的感情包含着多种的因素，一方面，为了使维生素C的研究走上正确的轨道，建立这么一个机构是完全必要的；在另外一些方面，这也的确是一件令人头痛的事。就职位而言，他是研究所所长，但他不喜欢行政事务性工作，因此对日常出现的一个个问题采取了放任不管的态度。“我不想在无谓的细节上浪费掉时间，”有一次他对一位采访的记者不无自豪地这样说。“而且，我认为，这也是生活中取得成功的一个秘诀。”他更喜欢将时间花费在旅行和谈论科学问题和维生素C的讲演上。他一直坚持对化学键和其他问题的研究，每年都要发表若干篇论文，余下的时间则是与爱娃一起度过的。
此时，他比过去更加关心爱娃了。几年来，爱娃的健康不时地成了他一块心病；她在1967年下半年曾遭受一次小中风——这是一场令人可怕的经历：午夜时分叫来一辆救护车将她送到圣地亚哥的医院。不过她很快就痊愈了——随后，在1972年，爱娃又接受了一次白内障切除的手术。在她眼睛生病期间，他俩在牧�